Pada 2 Oktober 2003, sebelum panel lima Indonesia hakim, Muklas telah didapati bersalah dan dihukum mati. Beliau pengebom Bali ketiga untuk menerima hukuman mati selepas abangnya Amrozi dan Imam Samudra. Hakim Cokorda Rai Suamba merumuskan perbicaraan itu; "defendan telah secara sah dan meyakinkan terbukti bersalah mempunyai, bersama-sama dengan yang lain, merancang tindakan keganasan dan juga berada dalam milikan menyalahi undang-undang bahan letupan, Kami menghukum defendan dengan kematian hukuman."

Muklas tidak menunjukkan penyesalan semasa prosiding dan menggunakan masa di mahkamah untuk mengutuk George W. Bush dan Amerika Syarikat. Dia mengisytiharkan bahawa kekejaman pengganas "yang dijalankan untuk membalas dendam penderitaan umat Islam di tangan Amerika dan Israel."

Selepas mendengar hukuman itu, dia segera mula menjerit "Allahu Akbar" dan mula melakukan lompatan bintang. Dia kemudiannya memeluk peguam dan memberitahu mahkamah penghakiman itu telah dibuat di bawah undang-undang dia tidak percaya. Walaupun mengaku beliau ingin mati sebagai syahid, dia suka Amrozi dan Lautan merayu terhadap hukuman tersebut. Semasa Muklas percubaan tidak menunjukkan sebarang penyesalan untuk serangan dan seperti suspek Bali yang lain, menggunakan penampilan mahkamah untuk menyerang secara lisan Amerika Syarikat.[5]